Pembentukan Poltekkes ditetapkan dengan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Republik Indonesia Nomor 298/Menkes-Kessos/SK/IV/2001, tanggal 16 April 2001 tentang Organisasi Tata Kerja Poltekkes. Perubahan kebijakan ini terjadi pula pada institusi Pendidikan Tenaga Kesehatan di Propinsi Maluku,yaitu dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 1207/Menkes/SK/XI/2001 tahun 2001 Tentang Pembentukan Poltekkes Malang, Palangkaraya, Banda Aceh, Ambon dan Ternate. Poltekkes Ambon yang dalam perwujudannya adalah merupakan penggabungan dari 7 (tujuh) Akademi Kesehatan di Propinsi Maluku yaitu Pendidikan Ahli Madya Keperawatan Depkes Ambon, Akademi Kesehatan Lingkungan MSA Depkes Ambon,Akademi Gizi MSA Depkes Ambon, Akademi Keperawatan MSA Depkes Ambon, Akademi Kebidanan Depkes Ambon, Akademi Keperawatan Depkes Tual dan Akademi Keperawatan Depkes Masohi, maka sejak awal berdirinya, Poltekkes Kemenkes Maluku dengan memantapkan tekadnya untuk senantiasa menjadi lembaga pendidikan tinggi yang unggul dan trampil sesuai dengan kompetensinya.

Seiring dengan perkembangan keadaan, Politeknik Kesehatan Kemenkes Maluku berusaha untuk selalu menyesuaikan diri dengan dinamika perkembangan pendidikan tinggi ditingkat lokal, regional, nasional, bahkan internasional, tata aturan perundangan yang berlaku, serta tuntutan masyarakat/dunia kerja. Hal tersebut memerlukan kematangan akademik, serta kesiapan dari sivitas akademikanya, yang harus dilandasi kematangan moral, etika, dan budaya yang menyentuh nilai-nilai jatidiri Politeknik Kesehatan Kemenkes Maluku. Guna mewujudkan kondisi demikian sangatlah penting membuat persiapan dengan baik dan komprehensif. Salah yaitu adanya pedoman akademik bagi segenap sivitas akademika. Pedoman ini menjadi acuan kegiatan seluruh sevitas akademika dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Dalam implementasinya, pedoman ini masih memerlukan rincian dan uraian lebih lanjut oleh komponen pelaksana akademik, seperti fakultas,program studi, serta unit pelaksana lainnya (laboratorium, pengelola praktik lapangan. Selain itu Buku Panduan Akademik Politeknik Kesehatan Kemenkes Maluku merupakan salah satu dokumen yang menjadi pedoman bagi sivitas akademika dalam pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi di lingkungan Politeknik Kesehatan Kemenkes Maluku yang meliputi kegiatan Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, Pengabdian Kepada Masyarakat serta kegiatan penunjang lainnya.